流域水環境綜合治理中存在以下水利科學問題：

（1）流域河流、湖庫、濕地系統宏觀格局與支撐能力

（2）河流縱橫形態的生態影響規律

（3）流域不同尺度河流連通和生態基流維持

（4）不同水動力條件下污染物輸移過程和生態效應

（5）流域污染物容量總量控制和科學增容強凈

（6）水資源生態配置與節水減污社會建設

（7）農田溝渠生態化與生態型灌區建設

（8）河道硬質化的生態效應及改進和修復技術

（9）防洪堤壩安全穩定與生態化協同技術

（10）水利工程與生態工程協同建設、運行和管理

（11）河流水生植物修復對行洪能力影響規律及對策

（12）調水引流和水力調控的科學原理與生態風險

流域水環境綜合治理的是我國水利發展的迫切需求，水利部門在流域水環境綜合治理中具有重要地位，應肩負起流域水環境綜合治理的主要責任，在認真研究和回答流域水環境綜合治理中存在的基本水利科學問題的基礎上，科學進行流域水系和水環境綜合治理規劃，合理構建流域水環境綜合治理的技術體系，為改善流域水環境、保障社會經濟可持續發展發揮出重要作用。